stackgate.ai
Alle integrationer

PubChem

NIH kemisk database — compound-opslag, egenskaber og struktursøgning via PUG-REST.

Manual setup 9 værktøjer

Overblik

Forespørg kemiske strukturer og bioaktivitetsdata fra PubChem — NIH's åbne database over forbindelser, egenskaber, synonymer og assay-sammendrag. Ingen personlig PubChem-konto eller API-nøgle kræves.

Forudsætninger

  • En stackgate.ai-konto

Credentials

  1. Åbn Mine integrationer → PubChem.
  2. Klik Aktivér — ingen PubChem API-nøgle nødvendig.

stackgate.ai identificerer sig over for PubChem med en hub User-Agent i henhold til NCBI fair-use policy. Ved tung research-brug kan du valgfrit gemme en kontakt-e-mail i dine integrations-credentials, så forespørgsler bruger din egen identifikator.

Brug med AI-klienter

  • Dedikeret endpoint: POST /mcp/pubchem
  • Private gateway: pubchem__*-værktøjer

Typisk workflow: resolve et forbindelsesnavn til CID → hent egenskaber → læs beskrivelse/synonymer → søg lignende strukturer.

Fejlfinding

  • Hub quota exceeded (429) — daglige fair-use-grænser gælder for den delte hub-identitet. Vent til i morgen, eller tilføj en valgfri kontakt-e-mail i dine integrations-credentials.
  • PubChem server busy (503) — PubChem throttler delte servere ved høj belastning. Prøv igen senere og reducér forespørgselsfrekvens (maks. 5 forespørgsler pr. sekund).
  • Request timeout (504) — indsnævr struktursøgninger (max_records), eller opdel store workflows i flere trin.
  • Bulk datasets — brug PubChem FTP til store eksport i stedet for gentagne MCP-kald.

Tilgængelige værktøjer

  • resolve_compound_by_name

    Resolve a compound name to PubChem Compound IDs (CIDs).

  • get_compound_properties

    Fetch physicochemical properties for a PubChem compound by CID.

  • get_compound_description

    Get the PubChem summary title and description for a compound CID.

  • get_compound_synonyms

    List synonyms and alternate names for a PubChem compound CID.

  • get_compound_xrefs

    Fetch cross-references (PubMed, patents, registry IDs, etc.) for a compound CID.

  • resolve_compound_by_inchikey

    Resolve a standard InChIKey to PubChem Compound IDs (CIDs).

  • search_similar_compounds

    Search PubChem for 2D structurally similar compounds using a SMILES string or CID.

  • search_substructure

    Search PubChem for compounds containing a substructure defined by SMILES or CID.

  • get_assay_summary

    Get a bioassay activity summary for a PubChem compound CID.

MCP-endpoint: https://stackgate.ai/mcp/pubchem (HTTP) eller via private gateway.

Opret konto Dokumentation