stackgate.ai
Alle integrationer

Life Sciences

Gen- og litteraturforskning via NCBI Gene, PubMed, UniProt og Ensembl — seks read-værktøjer med kryds-kilde genopslag og PubMed-søgning.

Manual setup 6 værktøjer

Overblik

Life Sciences forbinder din AI-klient til fire store offentlige research-API'er i én integration — ingen separate konti for hver database.

Brug den til gen-centreret biologi og medicin: resolve et gen-symbol på tværs af databaser, inspicér protein-entries, læs Ensembl-annoteringer, og søg eller hent PubMed-artikler. Til kemiske forbindelser brug den separate PubChem-integration; til arts-forekomstdata brug GBIF.

Life Sciences distribuerer til read-only REST API'er vedligeholdt af NCBI, UniProt og Ensembl. stackgate.ai håndterer autentificering, rate limits og respons-normalisering — du aktiverer én gang og kalder værktøjer fra enhver MCP-klient.

NCBI Entrez — Gene & PubMed

NCBI E-utilities driver to databaser i denne integration:

Database Giver Værktøjer
NCBI Gene Gen-symboler, Entrez ID'er, sammendrag, kromosomplacering, taksonomi lookup_gene, get_entrez_gene
PubMed Litteratursøgning, metadata, DOI, forfattere, abstracts via PMID search_pubmed, get_pubmed_article

NCBI-forespørgsler identificerer stackgate.ai med et hub tool-navn og kontakt-e-mail (usage policy). Valgfrit: tilføj din egen gratis NCBI API key for højere throughput (10 req/s vs. 3 req/s uden nøgle).

UniProt — proteiner

UniProt REST API returnerer kurateret proteinviden: accessions (f.eks. P38398), proteinnavne, gennavne, organisme og sekvenslængde.

Værktøjer: lookup_gene, get_uniprot_entry — ingen UniProt-konto eller API-nøgle kræves.

Ensembl — genomannotering

Ensembl REST API giver reference-genmodeller: Ensembl ID'er (f.eks. ENSG00000012048), biotype, genomiske koordinater, assembly og beskrivelser.

Værktøjer: lookup_gene, get_ensembl_gene — understøtter almindelige modelorganismer (homo_sapiens, mus_musculus, rattus_norvegicus, danio_rerio, og alias som human / mouse). Standard er menneske.

Forudsætninger

  • En stackgate.ai-konto

Credentials

  1. Åbn Mine integrationer → Life Sciences.
  2. Klik Aktivér — ingen NCBI API-nøgle kræves for at starte.

Ved tung research-brug kan du valgfrit tilføje i integrationsindstillinger:

  • Din gratis NCBI API key (højere E-utilities rate limits; omgår hub daglig kvote for NCBI-kald)
  • En kontakt-e-mail til NCBI fair-use-identifikation

UniProt og Ensembl kræver ingen credentials.

Brug med AI-klienter

  • Dedikeret endpoint: POST /mcp/life-sciences
  • Private gateway: life-sciences__*-værktøjer (f.eks. life-sciences__lookup_gene)

Forbind via stackgate.ai som dine andre cloud-integrationer — HTTP MCP-endpoint eller private gateway med dit API-token. Ingen lokal installation.

Typiske workflows

Gen-research

  1. lookup_gene med et symbol (f.eks. BRCA1, TNNI2) — cross-source sammendrag fra NCBI Gene, UniProt og Ensembl i ét kald.
  2. Drill ned i én kilde med get_entrez_gene, get_uniprot_entry eller get_ensembl_gene.

Litteraturgennemgang

  1. search_pubmed med en Boolean-forespørgsel (f.eks. TNNI2 AND distal arthrogryposis).
  2. get_pubmed_article med PMIDs fra resultaterne — metadata plus abstract-tekst, når tilgængelig.

Kombineret eksempel

Lookup TNNI2 → søg PubMed for tilknyttede syndromer → hent fulde abstracts for de mest relevante PMIDs.

Se Dokumentation for HTTP-autentificering og opsætning af private gateway.

Relaterede integrationer: PubChem — kemiske forbindelser, CIDs, egenskaber og bioassays; GBIF — arts-taksonomi og biodiversitets-forekomstrecords. ClinVar, OMIM og andre Entrez-databaser er endnu ikke inkluderet.

Fejlfinding

  • Hub quota exceeded (429) — daglige fair-use-grænser gælder for den delte hub NCBI-nøgle. Vent til i morgen, eller tilføj din egen NCBI API key i integrationsindstillinger.
  • NCBI rate limit — reducér forespørgselsfrekvens; lookup_gene tæller som flere upstream-kald (Gene + UniProt + Ensembl).
  • Partial gene results — lookup_gene returnerer data fra kilder, der matchede, og lister per-source fejl, når én database ikke har match.
  • Gene not found in any source — verificér symbolet og organismen; prøv granulære værktøjer på individuelle databaser.
  • Non-human organisms — send organism (f.eks. mus_musculus, mouse) på lookup- og Ensembl-værktøjer; standard er menneske (homo_sapiens).
  • PubMed search syntax — understøtter Boolean-operatorer (AND, OR, NOT), citerede fraser og field tags (f.eks. BRCA1[Gene], 2020:2024[Date - Publication]).
  • Missing abstract — nogle PubMed-records (breve, errata) har kun metadata; get_pubmed_article returnerer det, NCBI publicerer.

Tilgængelige værktøjer

  • lookup_gene

    Look up a gene symbol across NCBI Gene, UniProt, and Ensembl in one call. Returns partial results when a source has no match.

  • get_entrez_gene

    Fetch gene details from NCBI Gene by gene ID or symbol.

  • get_uniprot_entry

    Fetch a UniProt protein entry by accession or gene symbol.

  • get_ensembl_gene

    Fetch Ensembl gene metadata by symbol and species.

  • search_pubmed

    Search PubMed literature by query term. Returns article metadata for the matching page of results.

  • get_pubmed_article

    Fetch PubMed article metadata by PMID. Optionally includes the abstract text.

MCP-endpoint: https://stackgate.ai/mcp/life-sciences (HTTP) eller via private gateway.

Opret konto Dokumentation